Die Feuerwehr Müllheim-Pfyn ist als Zweckverband organisiert. Dieser entstand im Jahr 2010 durch den Zusammenschluss der Ortsfeuerwehren Müllheim und Pfyn. Seit 2024 besteht ein Zusammenarbeitsvertrag zwischen dem Zweckverband und der Politischen Gemeinde Herdern über die gemeinsame Organisation und den Betrieb der Feuerwehr. Das Kader und die Mannschaft beider Wehren arbeiten im Übungsbetrieb und bei Einsätzen so gut zusammen, wie wenn sie aus derselben Feuerwehr wären. Lediglich die unterschiedlichen Uniformen deuten darauf hin, dass es formell noch zwei Feuerwehren sind.